Запущен уникальный суперкомпьютер Anton 3 для задач молекулярной динамики

Питтсбургский суперкомпьютерный центр (PSC) ввёл в эксплуатацию вычислительный комплекс Anton 3 — специализированный суперкомпьютер следующего поколения, предназначенный для биомолекулярного моделирования. Система позволяет ускорить исследование ферментов, создание новых лекарственных препаратов, ремоделирование мембран и пр.

Проект Anton реализуется частной компанией D. E. Shaw Research. Данная серия суперкомпьютеров названа в честь Антони ван Левенгука (Antoni van Leeuwenhoek) — нидерландского натуралиста, конструктора микроскопов и пионера микробиологии. Системы Anton разрабатываются специально для ускорения процесса моделирования молекулярной динамики.

С помощью этих суперкомпьютеров исследователи могут получить ценную информацию о движениях и взаимодействиях белков и других биологически важных молекул. Многие из решаемых на базе Anton задач не могут быть выполнены за разумное время с помощью любого другого современного суперкомпьютера общего назначения или программного обеспечения для молекулярной динамики, доступного академическому сообществу.


Комплекс Anton 3 имеет 64-узловую конфигурацию. Задействованы 512 кастомных ASIC, а энергопотребление суперкомпьютера находится на уровне 400 кВт. Anton 3 обеспечивает быстродействие до 980 тыс. шагов моделирования в секунду (timesteps per second, TPS). По производительности на задачах молекулярной динамики система, как утверждается, на два порядка превосходит существующие универсальные суперкомпьютеры. Впрочем, по словам Cerebras, её царь-ускорители справляются и с этой задачей.


«Благодаря новейшей системе Anton мы сможем предоставить исследователям уникальный ресурс, способный за считанные дни выдавать результаты, на которые при использовании любого другого суперкомпьютера ушли бы годы», — отмечает доктор Филип Блад (Philip Blood), научный директор PSC. Разработкой систем для ускорения расчётов молекулярной динамики также занимается RIKEN в рамках проекта MDGRAPE.